由多个氨基酸分子缩合而成,含有多个肽链的化合物,叫做多肽.多肽通常呈链状结构,叫做肽链.一个蛋白质分子可以含有一条或几条肽链,肽链通过一定的化学键互相连接在一起.这些肽链不呈直线,也不在同一个平面上,而是形成非常复杂的空间结构.也就是说,蛋白质是若干多肽经过加工变形得到的具有复杂空间结构的大分子.选择多肽还是蛋白作为抗原？

远慕生物科技为你解答：需要根据抗体应用于什么实验，以及您所能获得的材料来决定
1. 实验过程中蛋白处于天然状态，这时使用的抗体识别的一般是蛋白的构象表位和线性表位；这样的实验主要有CO-IP、FACS、Neutralizing/Blocking以及Elisa法检测天然蛋白等
2. 实验过程中蛋白处于变性或半变性状态，这时大部分的构象表位已被破坏，抗体识别的一般都是线性表位；这样的实验主要有：Western、IHC/ICC/IF等以多肽作为抗原制备的抗体，识别的是线性表位，在使用时蛋白处于变性或半变性状态下，结果可以令人满意；但不能够保证识别天然蛋白以蛋白作为抗原制备的抗体，识别蛋白的线性和构象表位，基本上所有的实验都可以应用，所以，用蛋白作为抗原应是，但是在多肽抗原已可满足实验要求而且得到蛋白有一定难度的情况下，以多肽作为抗原制备抗体更加合适。
3. 如果提供全氨基酸序列的话，就可以表达蛋白；如果提供的只是多肽序列的话，那么只能合成多肽，但是一般来说，用完整的蛋白比用多肽免疫的效果要好，而且多肽免疫后的血清不保证一定可以识别完整的抗原。因为肽只是一个线性序列，而且是人工合成的，所以针对这个肽的抗体能否识别天然蛋白是不确定的，所以在制备抗体之前，对肽的设计很重要。

什么情况应该考虑用设计多肽做抗原？

答：如果氨基酸序列已知，但是由于基因克隆或表达等原因得不到抗原蛋白，或者仅需要得到针对抗原蛋白某几个特定表位的抗体，就可以采用多肽合成的方式得到抗原。例如仅需要生产针对蛋白质某个区域的特异抗体，比如研究蛋白质N端的前体物，可以设计N末端的多肽抗原。如果抗体的使用目的是识别修饰的氨基酸，如磷酸化的丝氨酸、苏氨酸或者酪氨酸，乙酰化赖氨酸等，就必须对多肽进行相应的修饰。一般情况下抗血清能够识别用来免疫的多肽序列，但是不一定识别天然蛋白质的折叠结构。非连续性抗原的抗体能否识别抗原决定簇取决于用于抗体生产的多肽是否存在二级结构。

设计多肽做抗原时的几点基本原则？

答：识别区域的选择原则一般说来zui理想的抗原性识别区域应具备亲水、位于蛋白表面和结构上易变形性等特点。既要考虑其免疫原性、特异性，还需考虑其合成难度等。通常有以下几点建议：
1、序列长度在8-20个氨基酸残基之间（如果太短，就有多肽太特殊、所产生的抗体与天然蛋白之间的亲和力（结合能力）不够强的风险，同样，如果序列长度超过20，将有可能引入二级结构，所产生的抗体失去特异性的可能，而且肽链越长，通常合成难度增大，不易获得高纯度的产品）；
2、尽可能是在蛋白表面；
3、保证该段序列不形成α-helix；4、N，C端的肽段比中间的肽段更好；避免蛋白内部重复或接近重复段的序列；
5、避免同源性太强的肽段；6、交联可以交联在N，C两端，选择依据就是交联在对产生抗体不太重要的一端；
7、序列中不能有太多的Pro，但有一两个Pro有好处，可以使肽链结构相对稳定一些，对产生特异性抗体有益。