在使用巴氏染液时要注意一些问题，在染液时要严格要求按照这四部来进行操作。
1. 巴氏染色液因苏木素上有结晶下有沉淀，使用前应用滤纸过滤一遍。染色时要轻拿轻放。

2. 使用前要充分搅拌，染色过程中提拿、旋转染色架数词。每缸过500～800张玻片后更新。

3. 盐酸分化的作用为分化掉胞浆上沾上的苏木素，因此时间不宜长。但如果分化不够，会造成细胞核颜色过深或（及）胞浆很难上色。.分化后立即放入自来水中冲洗。不宜久置，否则可使全部颜色消失。
4. 碱化亦称返蓝过程，返蓝偏短，苏木色精形成不充分，从而影响染色效果。碳酸锂每缸过500张玻片更新；温水更换德频率当更高。

5. 橘黄染色时间不宜过长，否则不易上色。橘黄每缸过500张玻片更新。

1、细胞核着色不佳
（1）细胞核着色过浅：
1）盐酸分化时间过长或苏木素染液时间过长。需要缩短分化时间或延长碱化时间；每日加入少量新鲜苏木素染液或重新配制苏木素液。
2）在固定之前制片干燥。所以对巴氏染色的制片需要严格遵守湿固定的原则。

3）自来水的PH值偏酸性。使用碱性溶液。

（2）细胞核着色过深：
1）盐酸溶液浓度不够。适当加入几滴盐酸以增加浓度。
2）制片用高于95％以上浓度的酒精固定后可以出现染色过深。应用95％酒精固定。